מטרת היסוד של המחלקה היא לבצע מחקר יישומי מוביל ופיתוח של טכנולוגיות הנדסיות לקידום החקלאות והתעשייה הנלוות בתחומי הנדסת ייצור, סביבה, מערכות גידול, אבטחת מזון וטיפול בתוצרת חקלאית.
המחלקה מורכבת מצוותי מחקר העוסקים במגוון תחומים: ייצור אנרגיה ושימוש באנרגיה סולרית, הנדסת סביבה, טיפול במים, שפכים ופסולת מוצקה בחקלאות, טכנולוגיות הנדסיות ליישום הדברת פגעים בחי ובצומח, מערכות חישה, הנדסת תעשייה – ייצור וגורמי אנוש בחקלאות, מערכות תומכות החלטה בחקלאות, רובוטיקה חקלאית, מערכות ובתי גידול (מבנים) לחי ולצומח, חקלאות מדייקת בניהול חיות משק, חקלאות מים ויישומי חקלאות מדייקת ודיגיטלית.
