אמרכלות המכון אחראית על הניהול האדמיניסטרטיבי של מכוני ומרכזי המחקר. היא עוסקת בתחומי המנהלה השונים ובכלל זה: הון אנושי – לרבות קליטת עובדים חדשים, ליווי שוטף במהלך תקופת עבודתם (נוכחות, קידום ועוד), וכן תחומי ההדרכה והרווחה.
בתחום המינהלי, האמרכלות מספקת מענה שוטף לניהול תקציבי המחקר והמכון, טיפול בשכר עובדים שאינם עובדי מדינה, ניהול קופה קטנה והנהלת חשבונות, התקשרויות ורכש בהתאם להוראות הרלוונטיות, וכן אחראית על התחזוקה השוטפת של המכון – ובכלל זה ניהול המשק, רכבים ממשלתיים והמשק החקלאי. כלל הפעולות בתחומים אלו מתבצעות בהתאם להנחיות יחידות המטה במנהלה.
