היחידה לביואינפורמטיקה

היחידה מספקת מגוון רחב של שירותים ביואינפורמטיים בהתאם לצרכי המחקר. האנליזות העיקריות המבוצעות כיום מפורטות בהמשך כאשר אנחנו במאמץ מתמיד לעדכן את מגוון השירותים והכלים.

1. הרכבה של רצפי טרנסקריפטום: הרכבת טרנסקריפטום De-Novo של מינים שאינם מודלים המבוססים על רצף הדור הבא מטכנולוגיית Illumine.
2. אנוטציה של טרנסקריפטום על בסיס דמיון לרצפי מסד נתונים זמינים (לדוגמא: מסדי נתונים של NCBI ו- UniProt).
3. ניתוח RNA-seq: ניתוח ביטוי דיפרנציאלי וניתוח אשכולות. ניתוח פונקציונלי של הגנים המתבטאים באופן דיפרנציאלי, כולל terms GO וניתוח העשרה של מסלולים מטבולים.
4. ניתוח גנוטיפ-פנוטיפ : זיהוי SNP רחב בגנום על ידי שילוב של ריצופים מבוססים NGS והתוכנה TASSEL.
5. זיהוי שונות גנטית: זיהוי שונות המבוססת על נתוני NGS. שלבי בקרת איכות ומסנן מבוצעים כדי לספק נתונים אמינים.
6. ניתוח פילוגנטי: ניתוח קשרים אבולוציוניים בין אורגניזמים או גנים המבוססים על נתונים גנטיים.
7. ניתוח מטגנומי: זיהוי אוכלוסיות מיקרוביאליות ופטריות לפי רצפי 16S/18S rRNA ומנתוני ריצופים מטגנומיים.
8. Proteomics: אנוטציה של חלבונים לפי כימות הפפטידים במרכז פרוטאומיקה חיצונית.

היחידה ממוקמת במכון וולקני, המכון למדעי הצמח, בניין גידולי שדה.

ד”ר עדי פייגנבוים: חדר 1037 adif@volcani.agri.gov.il

ד”ר נועה סלע: חדר 1034 noa@volcani.agri.gov.il

ד”ר אריה(אריק) הראל: חדר 1034 aryeharel@volcani.agri.gov.il

ד”ר גון כרמי: מרכז נוה יער gonc@volcani.agri.gov.il