המחלקה עוסקת בפיתוח אמצעים וטכנולוגיות להפחתת ובקרת מזיקים (חרקים, אקריות ונמטודות), תוך התחשבות בסביבה ובעקרונות חקלאות בת-קיימא.
המטרה היא להפחית למינימום את השימוש בחומרי הדברה רעילים ובלתי בררניים, ולהחליפם בחומרי הדברה ידידותיים לסביבה, פרומונים, אויבים טבעיים ושיטות אחרות. בנוסף המחלקה עוסקת בחקר הביולוגיה והאקולוגיה של דבורים והדברה משולבת של מזיקי המכוורת.
המחלקה מפיצה ומטמיעה את הידע והאמצעים שהיא מפתחת עבור הקהילה החקלאית והתעשייה, הן בארץ והן בעולם.
