אגף החשבות של מכון וולקני אמון על ניהול תקציבי וחשבונאי מדויק, יעיל ושקוף בכל הקשור לפעילות הכספית של המכון.
האגף מטפל בתכנון התקציב השנתי, דיווחים שוטפים לגופי המדינה, ניהול מענקי מחקר, ביצוע בקרה על הוצאות, תשלומים לספקים, משכורות עובדים/ות וניהול כספי הפרויקטים התחרותיים.
כמו כן, האגף אחראי על עמידה בדרישות החשב הכללי והרגולטוריות בתחום הפיננסי.
