אגף התקציבים אחראי על תכנון, ניהול, בקרה, הנחייה ומתן סיוע ליחידות המינהל, ובאופן כללי על כלל היבטי התקציב במינהל המחקר החקלאי ומהווה צומת מרכזי בניהול כספי הארגון, הן ברמת המאקרו והן ברמת המיקרו.
האגף משמש כפונקציה הכלכלית המרכזית, האמונה על ביצוע מגוון עבודות כלכליות (דוגמת תחזיות, אומדנים וחישובי עלויות) למטרת בניית תמונת מצב תקציבית-כלכלית המשמשת בסיס לקבלת החלטות.
תקציב מינהל המחקר החקלאי עומד על כ-600 מש"ח בשנה ומחולק לתקציב מדינה בעבור המינהלה והתשתיות ותקציבי המחקר.
האגף מלווה את החוקרים וההנהלה מתוך מטרה לספק שירות שוטף, אמין, שקוף ומקצועי תוך הקפדה על ניצול יעיל ואפקטיבי של המשאבים ושמירה על כללי מנהל תקין.
