המעבדה לאקלוגיה מולקולארית עושה שימוש בכלים שונים בהבנת תהליכים אקו-אבולוציוניים המובילים לדיפרנאיציה גנטית ואקוטיפית, בעיקר במינים קרובי תרבות. עבודת המחקר במעבדה מתמקדת בשלושה נושאים עיקריים:
1. תהליכים אקו-אבלוציוניים בדיפרנציאציה אקוטיפית באוכלוסיות בן-חרדל מצוי
2. תהליכים הסטוריים בגידול ותרבות של הזית האירופאי בארץ, תוך התמקדות באיפיון וזיהוי זני מורשת עתיקים ואיתור המאגר הגנטי של מקורות הבר.
3. הבנת השונות במבנה הפרי של צנוני בר כהתאמה לסביבה הים-תיכונית
