המעבדה לאגרואקולוגיה עוסקת בחקר תהליכים אקולוגיים ותיפקודי המגוון הביולוגי בשדה החקלאי ובסביבתו, וביחסי הגומלין בין החקלאות לבין המערכת האקולוגית הטבעית, במטרה לקדם חקלאות בת-קיימא וסביבתית בישראל ובעולם.
הגישה המדעית שלנו משלבת מחקר בסיסי (הבנת התהליכים האקולוגיים) ויישומי (גיבוש גישות לממשק חקלאי סביבתי על בסיס תהליכים אלה), תוך שימוש בשיטות מחקר מגוונות: סקרי שדה, ניסויי שדה ומעבדה, פיתוח מודלים, וקשר עם מדריכים חקלאיים. שאלות המחקר של חברי הקבוצה עוסקות בהיבטים שונים של מארגי מזון (food webs) ותיפקודיהם במערכות אגרואקולוגיות, כולל דינמיקה של אוכלוסיות מזיקים ואוייבים טבעיים ובקרה ביולוגית, יחסי גומלין בין הרביבורים וצמחים, יחסי פתוגנים-פונדקאים, ואקולוגיה של מחלות.