מטרת הבדיקות היא קביעת איכות הזרעים, להבטחת טיבם ומניעת הפסדים לחקלאי. הבדיקות נערכות, ברובן, בשיטות סטנדרטיות, לצורך הערכת טיב הזרעים הנסחרים בשוק הישראלי והבינלאומי.  
בדיקת הניקיון: קביעת הרכב מכסת הזרעים וחיזוי מידת האילוח בשדה בזרעים זרים. מניעת חדירתם לארץ של זרעי עשבים מחבלים וטפילים ו/או מניעת הפצתם של זרעי עשבים מזיקים ומסוכנים. 
בדיקת הנביטה: קביעת חיוניות הזרעים בתנאים מיטביים וחיזוי הצימוח בשדה, בתנאים נאותים. 

דוגמאות הזרעים הרשמיות נדגמות ע"י פקחי השירות לביקורת זרעים ושתילים או השירות להסגר צמחים. דוגמאות אלה מייצגות את מכסת הזרעים ומשמשות לבדיקות השונות במעבדה.  
לזרעים של גידולים רבים קיים תקן ישראלי לניקיון ונביטה. לגבי ניקיון הזרעים נקבע אחוז מינימלי של זרעים נקיים, אחוז מקסימלי של זרעים רעים ואי-הימצאות זרעים מחבלים (רמת סבילות=0). לגבי נביטה נקבע אחוז מינימלי של נביטה.
מכסות זרעים שאינן עומדות בתקן הישראלי, נפסלות לשיווק ולסחר- עפ"י החוק.
המעבדה הרשמית לבדיקת זרעים (ILDL01) מוסמכת ע"י הארגון הבינלאומי לבדיקת זרעים (ISTA ) להנפיק תעודות בינלאומיות של ISTA, לבדיקות הזרעים הבאות: דיגום, בדיקת ניקיון זרעים, קביעת זרעים זרים (תרבותיים, רעים ומחבלים), בדיקת נביטה (כולל נביטה עפ"י משקל), משקל 1000 זרעים ובדיקת זרעים מצופים. ההסמכה הקיימת היא לכל קבוצות הגידולים למעט עשבוניים. בנוסף, למעבדה יש הסמכה לבדיקת און זרעים (אפונה, שעועית וסויה) ובדיקת לחות זרעים של מספר גידולים.

סוגי בדיקות הזרעים:
בדיקות של ניקיון זרעים
בדיקות של נביטת הזרעים