ד"ר אוריון מילא תפקידים חשובים במסגרת מינהל המחקר החקלאי: היה חבר במועצה המדעית (1981-1983), ויו"ר המועצה המדעית של המכון להגנת הצומח ושל מינהל המחקר (1987-1990). ב-1995 מונה למנהל המדעי של מעבדת המיקרוסקופ האלקטרוני הסורק במכון.

הוא כיהן כנשיא החברה הישראלית לפיטופתולוגיה (1996-1998) ושל החברה האירופאית לנמטולוגיה (1998-2000), וכ"כ שימש כיו"ר הוועדה המארגנת של הסימפוזיון הבינלאומי לנמטולוגיה שהתקיים ב-2000 בישראל. היה חבר המערכת של העתונים הבינלאומיים Nematropica ו-Nematologica ובשנים 1994-1998 שימש כיו"ר המערכת לפירסומים בעברית במינהל המחקר החקלאי .

היה מרצה (מ-1971) ובהמשך פרופסור אורח (מ-1998) לנמטולוגיה בפקולטה לחקלאות, והדריך סטודנטים מהפקולטה לחקלאות ומאוניברסיטת בר-אילן בתחום זה לתואר שני ושלישי.

כהערכה על עבודותיו, זכה ד"ר אוריון בפרסים ע"ש א.ז.כהן (ב-1977, עבור עבודתו על הדברת הנמטודות בתפוחי-אדמה, וב-1983, עבור מחקריו על השפעת הנמטודות על הפחתת היבול בחיטה בנגב הצפוני), בגביע הכסף בתחרות סרטי וידיאו חקלאים בסרגוסה בספרד (1990) עבור סרטון על נמטודות בירקות ובפרחים, וכן בהכרה כמרצה מצטיין מטעם האוניברסיטה העברית (1992).

דניאל אוריון פרש לגמלאות ב-2002.