היעד העיקרי של הפעילות המחקרית במכון כולל פתרון בעיות בתחום הטיפול והשימור של מגוון סוגים של תוצרת חקלאית טרייה או יבשה ומזון מעובד מן החי והצומח, המיועדים למאכל אדם ובע"ח או לצרכי נוי, ומופנים ליצוא ולשוק המקומי. זאת במטרה להעלות את איכות התוצרת והמזון ולשמור על בטיחותם וערכם התזונתי, ובכך לקדם את חקלאות ישראל ולתרום לרווחת החקלאים והציבור הרחב בארץ. לשם השגת יעד מרכזי זה המכון מפתח טכנולוגיות ייחודיות וחדשניות ושיטות מתקדמות שיביאו לשיפור ושימור המבנה, המרקם, המראה, הצבע, הטעם, והארומה של התוצרת, ולמניעת מחלות, מזיקים ושאריות של חומרי הדברה כדי לעמוד בדרישות היצוא לשווקים בחו"ל. בנוסף, המכון מייצר ידע בסיסי בהבנת תהליכים ביולוגיים לקידום המחקר היישומי ויישומו.