מינהל המחקר החקלאי ממנה חוקרים בכירים מבין חוקרי המינהל לשמש כמנהלים מדעיים בכל אחד מהמו"פים החקלאיים האזוריים. ישנם אחד עשר מו"פים אזוריים הפזורים בכל רחבי המדינה ומקובצים בארבעה מרחבים (צפון, מזרח, נגב-דרום וערבה). תפקיד הממונה על המו"פים האזוריים לתאם בין הפעילויות המדעיות של כל המו"פים (למניעת כפילויות) ולהתוות דרכי פעולה מדעיות לסגירת פערי ידע ולפתרון בעיות חקלאיות אזוריות. הממונה על המו"פים האזוריים חבר בהנהלת המינהל ומדווח לה ישירות. הממונה הנוכחי על המו"פים האזוריים הוא ד"ר שנאן הרפז.