בשנים 1956-1961 עבד כמורה לביולוגיה וכימיה בבית- ספר תיכון ואח"כ כמפקח בפרדסים מטעם משרד החלקאות. ב-1961 המשיך בלמודים בארה"ב. באוניברסיטת ניו-יורק, בבאפלו, סיים את דוקטורט ב-1966, ובמשך שנתיים נוספות עסק במחקר במחלקה לביולוגיה באוניברסיטת ייל, בניו הייבן, קונקטיקט.
ב-1968 חזר ארצה, והתקבל כעובד מחקר בתחנה לחקר החקלאות (לימים, מינהל המחקר החקלאי) במכון להגנת הצומח, במחלקה לנמטולוגיה.
הישגים מדעיים
בראשית דרכו עסק בנושא הנמטודות של הדרים, פרחים וירקות.
ב-1972 עבר למכון למטעים, עבד במחלקה לגפן וזית, שם נעשתה עבודתו המחקרית העיקרית.
עסק במחקר הורמונים צמחיים מקבוצת האוקסין, והגיע להישגים בחקר הורמוני השרשה, מטבוליזם שלהם ודרכי פעולתם, בצמחים שקשה להרבותם, כגון פרוטיאות.
השתתף בשלוש תכניות מחקר של קמ"ח (BARD) עם חוקרים מארה"ב, בהן מצא שיטות בדיקה וראיות לנכחות IBA בצמחים של גדולי תרבות - עובדה "שהכשירה" הורמון זה לשמוש בגדולים חקלאיים ופירותיהם, ללא חשש אשר מלווה תכשירים סינתטיים. כמו כן חקר יחסי גומלין של IBA עם תרכובות חיוניות אחרות בצמח, ותלכידים שלו עם תרכובות, המסיעות להובלתו ולהשתמרותו בפעילות ממושכת בצמחים.
עבודותיו האירו את הדומה והשונה בין האוקסינים IAA ו- IBA בצמחים, ומכאן מסקנות המעידות על השפעתם על תהליכי השתרשות וגדילה. למחקרים אלה תרומה חשובה לחקלאות, בעיקר בשתלנות. במשך שנות עבודתו במכון, היו לו קשרים עם מחלקות שונות באוניברסיטאות אמריקניות, כגון איסט-לנסינג (מישיגן), בלטסויל (מרילנד) ודייויס (קליפורניה).
השתתף בכנסים מדעיים בארץ, בארה"ב, בקנדה, בתאילנד וביפאן, ועשה מספר שבתונים בארה"ב ובאוסטרליה.
תרומה ופעילות ציבורית במינהל המחקר החקלאי ומחוצה לו:
הדריך 5 סטודנטים לתואר מוסמך בפקולטה לחקלאות, בנושאי ריבוי צמחים.
היה חבר באגודות מקצועיות כגון החברה הבוטנית בישראל, אגודות פיסיולוגיה של הצמח ושל חומרי צמיחה, באירופה ובארה"ב.
הפרישה לגמלאות
אפרים פרש לגמלאות בשנת 1997.