המשימות המרכזיות של המחלקה לניתוח מערכות מינהל:
1. נוהלי העבודה של מינהל המחקר, אותם ניתן למצוא בקישור:
https://www.agri.gov.il/he/pages/1299.aspx
2. עדכון עץ המבנה הארגוני:
https://www.agri.gov.il/he/pages/1677.aspx
3. ריכוז תוכנית העבודה של יחידות המינהלה
4. האחריות על שמירת המידע הניירי והדיגיטלי של מינהל המחקר (שימור מידע דיגיטלי - תהליך הנמצא בשלבי גיבוש ויפורסם בהמשך)
5. הובלת תחום המצוינות הארגוני וריכוז פרוייקטים רוחביים בגוף המינהלה